Net zoals bij voedingsmiddelen is er bij supplementen ook sprake van ‘merkartikelen’ en zogenaamde huismerken. Er zijn meerdere verschillen te noemen. Een verschil kan zitten in de kwaliteit van de hulpstoffen die gebruikt worden in supplementen. Daarnaast wordt er gebruik gemaakt van vitamines die goed opgenomen worden door het lichaam. Het verschil in kwaliteit merk je ook in de fabriek. Merkproducten worden meestal gemaakt onder Good Manufacturing Practices (goede wijze van produceren) oftewel GMP. Dat is een kwaliteitsborgingssysteem. Daarnaast optimaliseren producenten van de merkartikelen hun product regelmatig, door onderzoek uit te voeren naar de supplementen en het gebruik ervan. Dit heeft tot gevolg dat er regelmatiger gebruik gemaakt wordt van andere grondstoffen en productiewijzen. heeft een huismerk doorgaans een simpeler verpakking dan een A-merk. Dit alles bij elkaar brengt hogere kosten met zich mee, waardoor merkartikelen doorgaans duurder zijn dan huismerken.